Фамилия Понин образована от прозвища Пона, и корень здесь — не имя и не профессия, а сама речь. Основой послужила двойная глагольная приставка «пона-», которая в русских говорах придаёт действию оттенок ограничения, смягчения или, наоборот, усиления. Поной в старину могли прозвать человека за характерную манеру сыпать такими словами, как «понагрубил», «понажить», «понаслушаться». Услышав от собеседника очередное «пона-», окружающие легко закрепляли за ним это прозвище — так же, как за другими закреплялись прозвища по любимым словечкам вроде «Чаво» или «Однако».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Понин буквально значит «сын Поны», «из рода Поны». Это типичная модель русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на гласный, — сравните с фамилиями Фомин, Савин или Никитин. Показательно, что прозвище Пона не имеет отношения к польскому или иному дворянскому «пану», хотя такое сходство иногда предполагают: приставка «пона-» — исконно русское явление, и для просторечия она куда естественнее, чем заимствование.

В диалектах у «пона-» есть ещё один оттенок — многократность и полнота действия, иногда с лёгким неодобрением: «понаехали», «понаписали». Если прозвище возникло в такой среде, оно могло отражать не только речевую привычку, но и характер человека — настырного, дотошного, любящего доводить дело до конца. Впрочем, первая версия, связанная с манерой говорить, выглядит правдоподобнее: прозвища по слову-паразиту встречались чаще, чем по темпераменту.

Фамилия редкая, в старых писцовых книгах и ревизских сказках встречается точечно, в основном в северных и центральных русских говорах, где приставка «пона-» была особенно употребительна. Известных носителей с громкой исторической биографией нет, и это нормально: большинство русских фамилий такого типа остались фамилиями крестьян и посадских людей, не попавших в энциклопедии. Зато в современном звучании Понин сохранил живую память о предке, чья привычка вставлять в речь «пона-» оказалась настолько яркой, что пережила его самого на несколько столетий.