Фамилия Понина — типичный пример «матронимической» фамилии, то есть образованной от женского имени. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые пошли от отца (Иванов, Петров), Понина происходит от имени матери. Основа здесь — имя или прозвище По́ня, которое в русской традиции было уменьшительной формой сразу нескольких женских крестильных имен: Пелагея, Аполлинария, Прасковья. В быту эти длинные имена сокращали до короткого и ласкового Поня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Понин сын или Понина дочь, а затем и вся семья. Таким образом, предок носительницы фамилии Понина был, скорее всего, ребенком женщины по имени Поня, и это отчество закрепилось как родовое прозвание.

Интересно, что Понина — не единственная фамилия, возникшая таким образом. В том же ряду стоят, например, Машин (от Маша), Дашин, Грушин. Но в случае с Пониной есть дополнительный нюанс: в некоторых говорах «поня» могло быть не именем, а прозвищем для человека с определенной манерой поведения или внешностью. В диалектах русского севера и Сибири «поня» — это «понимающий, догадливый, сметливый». Если фамилия возникла в этой среде, то она могла закрепиться за человеком, которого в деревне звали Поней за его сообразительность.

Географически фамилия Понина не имеет ярко выраженного ареала, но чаще встречается в центральных и северных областях России, где матронимические фамилии были более распространены, особенно в крестьянской среде. В XIX веке такие фамилии нередко давали детям, если мать была вдовой или играла главную роль в хозяйстве. Версия о происхождении от женского имени Пелагея или Аполлинария выглядит наиболее правдоподобной: она объясняет и суффикс, и бытовую логику именования, и отсутствие редких альтернатив.