Фамилия Понинский образована по польской модели с суффиксом -ский, который указывает на дворянское или шляхетское происхождение. В основе фамилии лежит топоним — название населённого пункта Понин (Ponin) или Понино. Таких мест в Польше и на западе современной Украины несколько: например, село Понин в Люблинском воеводстве или Понин в бывшей Волынской губернии. Владелец такого имения или выходец оттуда получал прозвание «понинский», то есть «тот, кто из Понина».

Суффикс -ский в этой фамилии — не просто окончание, а социальный маркер. В Речи Посполитой, а позже и в Российской империи, фамилии на -ский/-цкий закреплялись прежде всего за шляхтой и духовенством. Поэтому Понинские, скорее всего, принадлежали к мелкопоместному дворянству или к служилому сословию, владевшему землёй в окрестностях Понина. В польских гербовниках встречается род Понинских герба Лодзя, что подтверждает их шляхетский статус.

Корень Понин- может восходить к личному имени Пона (уменьшительное от Понтий или Ипполит) или к древнепольскому слову «pon» — «господин, пан», но вторая версия менее вероятна: фамилии от «пан» образовывались иначе (Панский, Панов). Скорее всего, основа — именно географическое название, которое, в свою очередь, произошло от имени владельца или от рельефа местности (понижение, низина).

В России фамилия Понинский встречается редко и почти всегда связана с потомками польской шляхты, переселившимися на восток после разделов Речи Посполитой. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Понинские сохраняли сословную память: многие из них записаны в дворянские родословные книги западных губерний — Волынской, Подольской, Киевской. В советское время фамилия утратила аристократический ореол, но её форма по-прежнему указывает на польские корни и на происхождение от конкретного места, а не от прозвища или профессии.