Фамилия Понов — редкий случай, когда напрашивающееся объяснение (от слова «поп») почти наверняка ошибочно. В русской ономастике фамилии на -ов от слова «поп» образуются иначе: Попов, Попович, Попков. Форма «Попов» — одна из самых частых в России, и альтернативный вариант «Понов» возникнуть из неё не мог: корень «поп» не даёт усечения до «пон» ни в одном диалекте.

Куда вероятнее, что в основе лежит нецерковное имя или прозвище Пон. В старых писцовых книгах встречаются крестьяне и посадские люди с таким именем. Происхождение самого прозвища спорно. Первая версия — от глагола «понить» в значении «тужить, горевать, плакать». В этом случае Поном называли человека печального нрава или того, кто пережил тяжёлую утрату. Вторая версия связывает прозвище с диалектным «понява» — род юбки, передник. Тогда Пон — прозвище портного, торговавшего или носившего такую одежду. Третья, самая редкая гипотеза — от тюркского корня «бон» (господин, начальник), но для фамилии, бытующей преимущественно в центральных и северных русских областях, это маловероятно.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель образования русских фамилий: «чей сын?» — Понов, то есть потомок По́на. Фамилия осталась в тени массового Попова, но именно это и делает её ценной для генеалогии: если вы Понов, ваши предки почти наверняка не были священниками, а носили редкое прозвище, связанное либо с характером, либо с ремеслом. Встречаемость фамилии сегодня — единичные случаи по России, без ярко выраженного регионального гнезда.