Фамилия Понизько звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -ко (в украинском языке часто -енко, -ко) указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России, где такие окончания были обычны для прозвищ и фамилий. В основе фамилии лежит прозвище Понизько, которое, скорее всего, образовано от корня «низ» с приставкой «по-». Самый прямой смысл — «тот, кто живет в низком месте, в низине» или «человек невысокого роста». В украинском языке слово «понизь» могло означать низменность, пойму реки, и прозвище давали по месту жительства.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с глаголом «понижать» или «понизиться» в переносном смысле. Так могли прозвать человека смирного, покладистого, или того, кто занимал невысокое положение в обществе. Однако в ономастике чаще опираются на географический признак: фамилии с корнем «низ» (Низовцев, Низовский) почти всегда указывают на место жительства в низине, у реки.

Фамилия редкая, не встречается в массовых списках дворянских родов или известных исторических династий. Это говорит о том, что предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или казаками, получившими прозвище по своему двору или местности. В документах XIX века такую фамилию можно было бы встретить в Полтавской, Черниговской или Харьковской губерниях — именно там распространены подобные модели на -ко. Поскольку суффикс -ко не является патронимическим (как -енко, означающий «сын такого-то»), Понизько — это прямое прозвище, которое закрепилось за родом без изменений.