Фамилия Понкрашин ведет начало от мужского крестильного имени Панкрат, которое в древнегреческом языке означало «всевластный, всемогущий». В основу фамилии легла не сама церковная форма, а ее просторечный вариант — Понкраша. Так в старину могли называть человека, носившего имя Панкратий, в быту, среди родных и соседей.

Образование фамилии типично для русской ономастики: к основе Понкраш- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Понкрашин — это буквально «сын Понкраши», потомок человека с таким именем. Модель с суффиксом -ин обычно закреплялась за словами, оканчивающимися на -а или -я, поэтому форма Понкраша естественно дала именно Понкрашина, а не Понкрашова.

Стоит обратить внимание на замену «а» на «о» в первом слоге. Это следствие аканья, характерного для южнорусских и среднерусских говоров, где безударная «а» произносилась как «о». Так имя Панкраша в устной речи постепенно превратилось в Понкрашу, и эта народная форма закрепилась в фамилии. Подобное чередование встречается и в родственных фамилиях — Панкратов, Панкрашин, Понкратов, — которые образованы от того же имени, но разными путями.

Прозвище Понкраша не несло негативного оттенка, как иногда думают. Это была обычная уменьшительно-ласкательная форма, широко употребимая в крестьянской и посадской среде. Человек по имени Панкратий мог всю жизнь зваться Понкрашей, а его дети уже писались Понкрашиными. Фамилия фиксировалась по отцу, поэтому в документах XVII–XIX веков нередки записи вида «Понкрашин сын», постепенно превратившиеся в самостоятельную фамилию.

Сведений о каком-либо одном знатном роде Понкрашиных нет, и это не удивительно. Фамилия распространена в основном в центральной России и Поволжье, где акающие говоры были особенно сильны. Встречается она и на Урале, куда переселенцы приносили свои фамилии в XVIII–XIX веках. Носители фамилии в большинстве своем происходили из крестьян, мещан или однодворцев, то есть людей, чьи предки получили фамилию по имени отца, а не по роду занятий или месту жительства.