Фамилия Понкрашина образована от мужского крестильного имени Панкрат (Панкратий), которое в переводе с древнегреческого означает «всевластный, всемогущий». В основу фамилии легла производная форма имени — Понкраша. Так в народе называли Панкратия, переделывая церковное имя на русский лад. Подобные фонетические изменения — замена «а» на «о» в первом слоге и упрощение сочетания «т» перед «р» — типичны для живой народной речи, где книжные имена приспосабливали к привычному звучанию. От той же основы родились и другие фамилии: Понкратов, Панкратов, Панкрашин, Понкрашкин.

Скорее всего, основатель рода Понкрашиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В среде простого люда чаще использовали уменьшительно-бытовые варианты церковных имен, которые затем закреплялись за потомками в виде фамилий. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Понкрашин означает «сын Понкраши», «ребенок Понкраши». Эта модель с суффиксом -ин типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Понкраша, что подтверждает широкое хождение этой формы среди непривилегированных сословий. Таким образом, потомок человека по имени Понкраша со временем получил фамилию Понкрашин, которая передавалась по мужской линии, а у женщин появлялась форма Понкрашина. С течением времени ударение в фамилии закрепилось на втором слоге — Понкра́шина, хотя в некоторых говорах можно услышать и вариант с ударением на третьем слоге.