Фамилия Понкрашкина — женская форма фамилии Понкрашкин, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Понкрашка. Это не что иное, как производная, уменьшительная форма канонического крестильного имени Панкратий (в русской народной традиции — Панкрат, Панкрашка). Разница в написании — Понкрашка вместо Панкрашка — объясняется типичным для многих русских говоров «оканьем»: под ударением звук «а» сохранялся, а в безударном положении его могли произносить и фиксировать на письме как «о» (сравните: Панкрат — Понкрат, Панфил — Понфил). Таким образом, фамилия буквально означает «сын (или потомок) Понкрашки».

Имя Панкратий греческого происхождения, от слов «пан» (всё) и «кратос» (сила, власть), то есть «всесильный», «всемогущий». В святцах оно встречается, но популярным в народе было не настолько, как, скажем, Иван или Пётр. Тем не менее, фамилии от Панкрата и его производных (Панкратов, Панкрашкин, Понкратов) встречаются по всей России, но чаще — в северных и центральных регионах, где оканье было нормой.

Словообразовательная модель здесь простая и архаичная: суффикс -к- (Понкрашка) превращает полное имя в обиходное, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Понкрашкин. Это одна из самых распространённых моделей в русских фамилиях, характерная для крестьян и мещан. В дворянской среде такие формы встречались реже, поэтому носители фамилии Понкрашкин, скорее всего, происходят из простонародья — крестьян или посадских людей.

Интересно, что фамилия могла возникнуть не только от имени, но и от прозвища Понкрашка, данного человеку по какой-то черте характера или внешности, связанной с образом «всесильного» или просто с именем. Но это лишь гипотеза: в большинстве случаев ономасты склоняются к прямому патронимическому значению. Ударение в фамилии, вероятно, падает на второй слог: Понкра́шкин, хотя в разных семьях могли закрепиться свои варианты.