Фамилия Пономарец — яркий пример того, как в русском языке закрепилось название церковной должности, но с необычным суффиксом. В отличие от массовой фамилии Пономарёв, образованной стандартным патронимическим суффиксом -ев, форма Пономарец использует суффикс -ец. В русской ономастике этот суффикс часто указывал на принадлежность к местности («рязанец» — из Рязани) или на носителя признака, но в данном случае он работает иначе: Пономарец — это не «сын пономаря», а сам пономарь.

Пономарь — низший церковнослужитель, в обязанности которого входило звонить в колокола, зажигать свечи, прислуживать в алтаре, сторожить храм. Должность не требовала священного сана, поэтому пономарями часто становились грамотные крестьяне или мещане. Фамилия Пономарец, таким образом, — прозвище по профессии, которое закрепилось за человеком, служившим при церкви. Суффикс -ец придаёт слову оттенок «тот самый пономарь» или «человек из семьи пономаря», но без обязательного указания на отца — это прямое именование.

Географически фамилия тяготеет к южным и западным регионам бывшей Российской империи: Украине, Белоруссии, южнорусским областям. В северных и центральных губерниях преобладал вариант Пономарёв, а форма на -ец встречалась реже и часто фиксировалась в казачьих реестрах или метрических книгах униатских церквей. Это позволяет предположить, что носители фамилии Пономарец — потомки церковнослужителей из регионов, где украинские и белорусские модели словообразования смешивались с русскими.

Сравнение с однокоренными фамилиями проясняет картину. Пономарёв — самая частая форма, означающая «внук или сын пономаря». Пономаренко — типично украинский вариант с суффиксом -енко («маленький пономарь» или «сын пономаря»). Пономарец стоит между ними: он менее патронимичен, чем Пономарёв, и менее уменьшителен, чем Пономаренко. Это именно прозвище взрослого человека по его ремеслу, которое со временем стало фамилией.

В дореволюционных источниках фамилия встречается в мещанских и крестьянских сословиях — духовное звание пономаря не давало дворянства, но давало относительную грамотность и уважение в общине. Сегодня носители фамилии Пономарец рассеяны по всей России и странам бывшего СССР, но их корни почти наверняка ведут в церковный причт южных губерний.