Фамилия Попинов — редкий случай двойного отчества, где словообразовательная цепочка прослеживается особенно четко. Чтобы понять её, нужно разобрать имя Попин. Это, в свою очередь, отчество первого порядка от прозвища или мирского имени Поп, которое на Руси давали не только священникам. Чаще всего так называли самого православного священника, но прозвище могло закрепиться и за его сыном, и даже за бойким, «поповатым» мирянином. В итоге Попинов — это буквально «внук Попа»: сын Попина, внук того самого Попа.

Сама конструкция фамилии необычна тем, что вобрала сразу два патронимических суффикса: сначала -ин, а затем -ов. Это говорит о том, что фамилия закрепилась не сразу, а прошла стадию промежуточного отчества. Сначала был Поп, его дети стали Попиными, а их потомки, чтобы отличаться от других ветвей, превратились в Попиновых. Такая модель встречается реже, чем простое прибавление -ов или -ин к основе, и делает фамилию самобытным памятником славянской культуры.

Менее вероятно, что в основе лежит непосредственно мирское имя Поп. Хотя такие имена в старину давали как оберег — считалось, что имя, связанное с церковью, защитит ребёнка от злых сил. Но даже в этом случае конечная форма фамилии указывает на ту же самую модель: Попинов — потомок Попа.

Несмотря на кажущуюся прозрачность, у фамилии есть и другой, более редкий пласт. В некоторых говорах «попином» могли называть не только сына священника, но и человека, который прислуживал в церкви, или же того, кто вёл себя слишком важно, «надувался как поп». Поэтому для части носителей фамилии предок мог быть не священником, а, скажем, пономарём или дьячком.

Точное время и место возникновения фамилии Попинов установить без глубоких генеалогических изысканий невозможно. Процесс формирования фамилий был долгим и не всегда привязан к одной местности: где-то отчество Попинов закрепилось в XVI веке, а где-то — только в XIX. Однако сама структура фамилии — верный признак того, что родоначальник жил в эпоху, когда отчества ещё не стали наследственными, и его потомкам пришлось добавлять второй суффикс, чтобы выделиться среди многочисленных Попиных.