Фамилия Попина — женская форма фамилии Попин, и её происхождение напрямую связано с нарицательным «поп». Вопреки возможному предположению, что речь идёт о священнике, в основе фамилии чаще лежит мирское прозвище или именование по отцу. В старину «попом» могли назвать не только служителя церкви, но и человека, который вёл себя важно, носил длинные волосы или бороду, либо работал при церкви (пономарём, звонарём). В северных и сибирских говорах «поп» означало ещё и «пескарь» — рыбку, что тоже могло стать прозвищем для невысокого или юркого человека.

Модель образования проста: основа «поп» плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Фамилии на -ин в русском языке типичны для кратких притяжательных прилагательных: Попин значит «сын попа» или «человек из семьи Поповых». Женская форма Попина закрепилась в документах как вариант по мужу или отцу. В отличие от более частотной Попов (с суффиксом -ов), Попин встречается реже и обычно привязан к определённым регионам — например, к Вологодской и Архангельской областям, где суффикс -ин был продуктивнее в крестьянской среде.

Не стоит путать фамилию с украинским или белорусским вариантом «Попiна» — в русском языке она всегда пишется с одной «п». Встречается и редкая версия, что в основе лежит прозвище «Попа» (от «попа» — задняя часть), но это маловероятно: ономасты (в частности, Б. Унбегаун) относят такие фамилии к числу «телесных» прозвищ, но для Попин доказательств нет. Скорее всего, предки носительницы фамилии были либо детьми сельского священника, либо людьми, получившими прозвище за сходство с попом — по поведению или внешности.