Фамилия Попугин — одна из тех русских фамилий, чья основа на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении ставит перед этимологом несколько загадок. Самое очевидное, что приходит в голову — связь с птицей попугаем. Однако в русском языке слово «попугай» закрепилось довольно поздно, в XVIII веке, и было заимствовано через западноевропейские языки (ср. немецкое Papagei). Фамилии, образованные от названий экзотических птиц, в крестьянской среде встречаются редко и почти всегда носят прозвищный, а не профессиональный характер. Прозвище Попугай могли дать человеку за яркую, пёструю одежду, за манеру повторять чужие слова или за необычную внешность — например, за крупный нос.

Но есть и другая, более глубокая версия. В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, слово «попуга» или «попугать» означало «испугать», «напугать». Отсюда «попуга» — пугливый человек, или, наоборот, тот, кто любит пугать. Фамилия Попугин легко вписывается в эту модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Попугин, то есть сын Попуги). Основа «попуг-» могла быть вариантом прозвища Попуга, образованного от глагола «попугать». В этом случае фамилия оказывается не связанной с тропической птицей, а восходит к чисто русскому диалектному слову, характеризующему поведение человека.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: прозвище или нецерковное имя на -а (Попуга) + притяжательный суффикс -ин. Фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо, но наиболее вероятны северные и центральные губернии, где бытовал глагол «попугать». Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в число массовых, что говорит о её локальном происхождении.

Спор между версиями решается в пользу диалектного корня. Слишком уж натянуто связывать фамилию простого крестьянина или ремесленника с заморской птицей, когда есть прямое и понятное русское слово. Прозвище Попуга (пугливый человек) — типичный пример бытовой характеристики, какие давали в деревне. Так что предок Попугиных, скорее всего, был человеком осторожным или, напротив, любил подшутить, внезапно напугав односельчан.