Фамилия Потер не входит в число распространённых русских фамилий, и её происхождение — неочевидная задача. В отличие от типичных «профессиональных» или «патронимических» фамилий на -ов/-ев или -ин, Потер заканчивается на твёрдый согласный, что сразу указывает на вероятное заимствование или искусственное происхождение. В исконно русской модели такие фамилии редки и обычно являются результатом калькирования или адаптации иноязычных прозвищ.

Первая и наиболее правдоподобная версия — фамилия восходит к немецкому или голландскому корню. В немецком языке «Poter» может быть вариантом фамилии «Pöter» или «Potter», что означает «гончар» (от «Topf» — горшок). В этом случае Потер — это транслитерация западноевропейской фамилии, попавшая в Россию вместе с переселенцами, мастерами или военными специалистами в XVIII–XIX веках. Интересно, что в русском языке слово «потёр» (от глагола «тереть») не имеет отношения к ремеслу, поэтому лингвистическая связь с гончарным делом здесь — чисто внешняя.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — происхождение от прозвища «Потёр» или «Потёра». В диалектах русского языка «потёра» могло означать «потеря», «убыток» или «человек, который часто что-то теряет». Такое прозвище могли дать рассеянному или невезучему человеку. Однако фамилии, образованные от глагольных основ без суффикса, для русского языка нетипичны: обычно они оформлялись суффиксами -к- (Потёркин) или -л- (Потёрлов). Поэтому эта версия выглядит слабее.

Фамилия Потер практически не встречается в исторических документах по крестьянским или купеческим родам центральной России. Её география ограничена: носители сосредоточены в крупных городах, особенно в Санкт-Петербурге и Москве, а также в Поволжье, где в XVIII веке селились немецкие колонисты. В советское время фамилия могла появиться и в результате искусственного переименования, но таких подтверждений нет.

Главная особенность фамилии Потер — её омонимия с английской фамилией Поттер (Potter), прославленной литературным героем Гарри Поттером. Однако в русском языке написание «Потер» (с одной «т») — это не калька с английского, а самостоятельная форма, скорее всего, немецкого или голландского происхождения. Встречаются варианты написания: Поттер, Потэр, Пётер, но именно форма Потер — самая редкая и наименее подверженная массовой литературной ассоциации.