Фамилия Поймалин ведет начало от личного прозвища Поймала, которое и закрепилось за основателем рода как основное именование. Само прозвище, скорее всего, восходит к глаголу «поймать». Наиболее правдоподобно, что Поймалой называли человека, причастного к загонной охоте, — хорошего ловчего, который умело брал зверя. В этом случае прозвище относилось к разряду «профессиональных» именований, указывающих на род занятий.

Вторая версия связывает прозвище с диалектным словом «поималки» — так в вологодских говорах называли игру в ловушки или жмурки. Тогда Поймалой могли прозвать завзятого любителя этой игры или того, кто часто в ней выигрывал. Эта гипотеза объясняет бытовое, нецеремонное происхождение прозвища, которое легко могло прижиться в деревенской среде.

Менее убедительно выглядит предположение о связи с устаревшим словом «поймы» — «упрёки, укоры». Согласно этой версии, Поймалой называли ворчливого человека, постоянно выражавшего недовольство окружающими. Однако смысловая цепочка здесь сложнее, а сам корень «пойм-» в значении «укор» встречается реже, чем глагольная основа «поймать», поэтому эта гипотеза уступает первым двум.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Поймалин буквально значит «сын Поймалы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а. Со временем прозвище Поймала, передаваясь по наследству, закрепилось за потомками как фамильное имя, и теперь фамилия Поймалин хранит память о прозвище далекого предка — охотника, ловкого игрока или, что менее вероятно, ворчуна.