Фамилия Пригожаева — женская форма русской фамилии Пригожаев, и её ключ к происхождению лежит не в суффиксе, а в основе. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образованы от крестильных имён (Иванов, Петров) или от названий профессий (Кузнецов, Мельников), Пригожаев происходит от прозвища, данного по внешнему признаку. Основа — прилагательное «пригожий», то есть красивый, видный, статный. В древнерусском языке это слово имело более широкий смысл: «пригожий» означало не только приятный внешне, но и подходящий, годный, угодный. Так могли назвать человека с привлекательной внешностью, а в некоторых говорах — расторопного и умелого работника.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Пригожаев — это сын Пригожего. Модель образования типична для русских фамилий, возникших от прозвищ на -ий, -ой: аналогично возникли фамилии Бледнов, Рыжов, Чернышов. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Пригожáев, что соответствует ударению в исходном прилагательном «пригóжий» (хотя в некоторых говорах оно могло смещаться).

Географически фамилия Пригожаев не привязана к одному региону, но встречается заметно чаще в южнорусских областях — в Курской, Белгородской, Воронежской губерниях. Это объясняется тем, что слово «пригожий» в значении «красивый» было особенно употребительно в южновеликорусских говорах, тогда как на севере чаще говорили «баской» или «красный». Встречаются и варианты написания через «о» — Прогожаев, но они редки и обычно являются результатом диалектного «аканья» (когда в безударном положении «а» произносится как «о» и записывается на слух).

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Прозвище Пригожий могли дать в деревне любому человеку, выделявшемуся внешностью, — и батраку, и зажиточному хозяину. Дворянских родов с такой фамилией в истории России не зафиксировано: она не попала в «Бархатную книгу» или «Общий гербовник», что подтверждает её народное, неаристократическое происхождение. Таким образом, фамилия Пригожаева — это не застывшая метафора, а прямое свидетельство того, что предок носителя был человеком видным, заметным, «пригожим» в прямом смысле слова.