Фамилия Прохожаева — одна из тех, что образована не от имени, а от прозвища по роду занятий или образу жизни. Её основа — слово «прохожий». В древнерусском языке так называли не просто случайного путника, а человека, который постоянно находится в пути: странника, бродягу, паломника или торговца, переходящего с места на место. В словаре В. Даля «прохожий» — это и «идущий мимо», и «странник», и даже «нищий, скиталец». Прозвище Прохожий могли дать человеку, который не имел постоянного дома, кормился подаянием или же, напротив, был посыльным, гонцом, ходоком по делам общины.

Суффикс -ев- в фамилии указывает на её патронимическое происхождение: Прохожаев — это «сын Прохожего». Форма Прохожаева — женский вариант, но в быту и документах часто закреплялась именно она, если речь шла о семье в целом. Интересно, что фамилия сохранила полногласный корень «прохож-», а не сокращённый (как, например, Прохин — от «проха»). Это говорит о том, что прозвище было устойчивым и осознавалось носителями как самостоятельное, а не как производное от глагола.

С географической точки зрения фамилия Прохожаева встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Встречается она и на Украине, где могла быть русифицирована из украинского «Прохожий» или «Прохоженко». В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится: её носители — выходцы из крестьян, мещан, однодворцев, то есть тех, кто не имел закреплённой земли и часто менял место жительства.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Прохоров, Прохин, Проходцев — показывает, что Прохожаева стоит особняком. Прохоров образовано от имени Прохор, а Прохин — от краткой формы того же имени. Проходцев — от «проходец», то есть проныра или тот, кто знает тайные ходы. Прохожаева же прямо указывает на состояние «быть в пути», и это делает её более прозрачной для этимологии, чем многие другие фамилии на -ев.