Фамилия Прохожан — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а бытовое прозвище, причём с необычной грамматической формой. Если большинство русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский образованы от существительных в именительном падеже, то здесь мы видим форму родительного падежа множественного числа: «прохожан» — то есть «из прохожих» или «из числа прохожих». Такой способ словообразования (бессуффиксный, с окончанием -ан) в русской ономастике встречается редко и обычно указывает на то, что фамилия могла возникнуть в среде, где прозвище закрепилось в виде ответа на вопрос «чей?» или «откуда?».

Скорее всего, предок получил прозвище Прохожанин или Прохожий — так в старину называли странника, путника, человека без постоянного дома или пришлого, который не числился в местной общине. В документах XVI–XVII веков слово «прохожанин» фиксируется именно в значении «странник, богомолец, чужак». Со временем это прозвище трансформировалось в фамилию, но сохранило форму родительного падежа, что нетипично: обычно мы видим Прохожев или Прохожин. Вариант Прохожан мог закрепиться в южнорусских или украинских говорах, где окончание -ан в фамилиях встречается чаще (сравните: Стрельчан, Горожан).

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла произойти от топонима — названия села или урочища Прохожаны (подобные названия встречаются в Беларуси и на западе России). Тогда носитель фамилии — выходец оттуда. Однако письменных подтверждений существования такого населённого пункта в открытых источниках нет, поэтому версия с прозвищем остаётся основной.

В любом случае фамилия Прохожан — не про «хождение» как таковое, а про социальный статус предка: он был пришлым человеком, возможно, бродячим мастеровым или паломником. В сословном отношении такие прозвища чаще давали крестьянам и посадским людям, а не дворянам. Сегодня фамилия встречается редко, в основном на юге России и в Беларуси, что подтверждает её диалектное происхождение.