Фамилия Прокоаова необычна и, скорее всего, представляет собой искажённый или диалектный вариант более распространённой фамилии Прокофьев. В русском языке фамилий на «-ов» от канонического имени Прокопий (в просторечии Прокофий, Прокофей) множество: Прокофьев, Прокопов, Прокошин, Прокудин. Форма Прокоаов могла возникнуть из-за местного произношения, где «ф» переходило в «хв» или вовсе выпадало, а «-ий» редуцировалось до «-а». Сравните с диалектным «Прокоха» вместо «Прокофий». Таким образом, основа фамилии — разговорный вариант имени Прокофий, а суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «сын Прокофия» (или Прокоха).

Другая, менее вероятная версия выводит фамилию из прозвища Прокоа (или Прокоха), которое могло быть связано с глаголом «прокоать» — в некоторых говорах это означало «проклинать, ругать». Однако такое прозвище было бы крайне редким и неблагозвучным, поэтому версия с именем Прокофий выглядит значительно правдоподобнее. Фамилия могла закрепиться в северных или сибирских говорах, где «аканье» и упрощение групп согласных встречаются чаще.

Встречаемость фамилии Прокоаова невысока. Она не упоминается в классических ономастических словарях (Унбегауна, Никонова), что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени отца — Прокофия, которого в быту звали Прокоа или Прокох. Написание с двумя «о» (Прокоаов) — результат фонетической записи: редуцированное «а» после «к» звучало как нечто среднее между «о» и «а», и при оформлении документов писарь зафиксировал это на слух. Так фамилия и закрепилась в необычной форме.