Имя Прокопий восходит к греческому слову «прокопос» – «схвативший меч за рукоятку», по другой версии, «преуспевающий». В основу фамилии Прокопенкова легла его призводная форма - Прокоп. Одним из покровителей этого имени считается священномученик Прокопий Иерусалимский, который жил и пострадал при императоре Диоклетиане. Возможно, что основатель рода Прокопенковых был человеком из простого сословия. Со временем, род Прокопенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ова.