Фамилия Прокопочкин — редкий случай, когда суффикс говорит о происхождении больше, чем корень. В ней сразу два патронимических суффикса: -очк- и -ин. Если бы фамилия образовалась напрямую от имени Прокоп (народная форма календарного имени Прокопий), мы бы получили Прокопов или Прокопьев. Но здесь работает уменьшительная форма Прокопочка — так в быту могли называть маленького сына Прокопа, реже самого Прокопа небольшого роста или с мягким характером. Суффикс -ин добавляется к основам на -а, -я, поэтому Прокопочка даёт Прокопочкин. Это типичная «фамилия второго порядка»: сначала от полного имени сделали ласкательное, а потом от него — фамилию сына.

Такая модель встречается реже, чем стандартные -ов и -ев, и чаще в северных и центральных губерниях России, где были в ходу уменьшительные имена на -ка, -очка. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с именем Прокопочка, но фамилия Прокопочкин, скорее всего, закрепилась уже в XIX веке, когда фамилии стали массово передаваться по наследству. Интересно, что однокоренные Прокофьев, Прокопьев, Прокопенко гораздо популярнее, а Прокопочкин остался локальным — его можно встретить в основном в Вологодской, Кировской и Костромской областях, а также среди старообрядцев, где имя Прокопий было особенно чтимо.

Прозвищная версия маловероятна: Прокопочкой могли называть не только по имени, но и по ремеслу — например, сына прокурора (от лат. procurator) или человека, занимавшегося прокопами (рытьём канав). Однако в русской ономастике такие толкования слабые, потому что суффикс -очк- прочно связан с уменьшительными формами личных имён, а не с профессиями. Поэтому основная и самая убедительная версия — от имени Прокопий через уменьшительное Прокопочка. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, и её редкость — не недостаток, а признак того, что предки жили компактно и не смешивались с большими фамильными кланами.