Фамилия Прокопышина образована от уменьшительно-ласкательной формы Прокопыша, которая, в свою очередь, восходит к каноническому имени Прокопий. В основе имени лежит греческое «прокопос», что означает «схвативший меч за рукоятку»; по другой версии, его переводили как «преуспевающий». Вторая трактовка выглядит правдоподобнее, если учесть, что в греческом языке это слово чаще относилось к понятию «успех» и «продвижение вперёд», а воинственное значение возникло уже позже, под влиянием народной этимологии.

Имя Прокопий в старину встречалось довольно часто, поскольку оно многократно упоминалось в святцах. В истории православия известно более десяти святых покровителей с этим именем. Один из них — священномученик Прокопий Иерусалимский, пострадавший при императоре Диоклетиане в начале IV века. Популярность имени подкреплялась и почитанием святого Прокопия Устюжского, юродивого, которого особенно чтили на Русском Севере. Это даёт основание предполагать, что фамилия Прокопышина могла зародиться именно в северных или центральных русских землях, где культ этого святого был наиболее силён.

Суффикс -ыш- в форме Прокопыша придаёт имени оттенок ласкового, почти домашнего обращения. Так могли звать ребёнка в семье, а затем это прозвище закрепилось за главой рода и перешло к его потомкам. Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: Прокопышин буквально значит «сын Прокопыши». Скорее всего, основатель рода был выходцем из рабочей или крестьянской среды, где подобные уменьшительные имена использовались в повседневной речи гораздо чаще, чем полные церковные формы.

Интересно, что фамилия сохранила чисто русскую народную огласовку имени, тогда как в книжной традиции чаще употребляли форму Прокопьев. Разница между Прокопышиным и Прокопьевым отражает социальное расслоение: в дворянской и купеческой среде предпочитали более «правильные» варианты, а в крестьянской — живые, разговорные. Поэтому фамилия Прокопышина — это не просто указание на имя предка, но и своеобразный маркер его происхождения из простонародной среды.