Фамилия Прокошкина образована от имени Прокошка — так на Руси в обиходе называли человека, носившего крестильное имя Прокопий. Само имя пришло из греческого языка, где означало «обнаживший меч». Покровителем имени считают святого великомученика Прокопия Кесарийского, почитаемого и в православной, и в католической традиции. Впрочем, есть и вторая версия: Прокошка могло быть производной формой от имени Прокл, которое переводится с греческого как «предвестник славы». Обе гипотезы имеют право на существование, но первая выглядит убедительнее: имя Прокопий было заметно более распространено на Руси, чем редкое Прокл.

Сам способ образования фамилии типичен для восточнославянской традиции. Имена на -шка, такие как Прокошка, Фомка, Яшка, были широко распространены в XV–XVII веках в среде крестьян, посадских людей и служилых низов. От такой обиходной формы имени и возникла фамилия: Прокошка → Прокошкин → Прокошкина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально фамилия означает «сын Прокошки», то есть потомок человека, которого звали Прокошкой.

Скорее всего, основатель рода Прокошкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии часто встречаются именно среди тяглого населения, а не дворянства. Это не делает фамилию «простой» в уничижительном смысле: она честно отражает социальный срез эпохи, когда люди получали фамилии по именам отцов и дедов, без искусственных прибавок.

Среди известных носителей фамилии выделяется Юрий Дмитриевич Прокошкин (1929–1997), российский физик, доктор физико-математических наук. Он работал в области физики высоких энергий, и его научная карьера — пример того, как фамилия крестьянского корня благополучно дожила до советской научной элиты. Это хорошая иллюстрация того, что фамилия не привязана к сословию навсегда: она лишь фиксирует момент своего возникновения.

В написании фамилии стоит обратить внимание на вариант с -а в конце: Прокошкина — это женская форма или форма родительного падежа мужской фамилии Прокошкин. В разговорной речи иногда путают ударение, но исторически оно падает на второй слог: Про-ко́-шкин.