Фамилия Пруторова — женская форма фамилии Пруторов, и её разбор стоит начать с неочевидного корня. Основа «прут» в русских фамилиях чаще всего указывает не на металлический прут, а на глагол «прудить» — запруживать, перегораживать воду. В диалектах «прут» могло означать запруду, плотину, а «прутор» — человека, который ставит запруды или живёт у пруда. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, и указывает на принадлежность: Пруторов — сын или потомок Прутора.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с глаголом «переть» в значении «идти напролом, упрямиться». В таком случае Прутором могли прозвать настойчивого, упёртого человека. Однако эта гипотеза слабее, потому что в говорах форма «прутор» в значении «упрямец» не зафиксирована, а «прудить» даёт целое гнездо фамилий — Прудов, Прудников, Прутков.

Географически фамилия Пруторов встречается преимущественно в центральных и южных областях России, где прудовое хозяйство было распространено: в Тульской, Рязанской, Липецкой областях. Это редкая фамилия, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от конкретного прозвища в одном селе или волости. В дворянских родословных книгах она не значится, так что предки Пруторовых, вероятно, были крестьянами или мелкими ремесленниками, чьё занятие или место жительства дало начало фамилии.

Интересно, что фамилия Пруторова могла писаться через «о» или «а» в зависимости от диалектного произношения — в южнорусских говорах аканье превращало «Пруторов» в «Прутаров», но в литературной норме закрепился вариант с «о». Встречаются и единичные случаи написания через «т» с удвоением — Прутторов, но это результат описки или путаницы с фамилией Прутков.