Фамилия Пукалик — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма указывает на то, что она не могла возникнуть в центральной России по стандартной модели на -ов/-ев или -ин. Суффикс -ик характерен для западнославянских, украинских, белорусских и еврейских фамилий, а также для некоторых польских прозвищных образований. Скорее всего, перед нами фамилия украинского или польского корня, где -ик — уменьшительный или патронимический суффикс.

Основа «Пукал-» может восходить к глаголу «пукать» (в диалектах — хлопать, стрелять, лопаться) или к существительному «пукалка» — так в некоторых говорах называли хлопушку, игрушечный пистолет или трещотку. Тогда прозвище Пукало или Пукалик могли дать человеку, который громко смеялся, шумно хлопал дверями, работал с порохом или просто имел привычку издавать резкие звуки. В польском языке есть слово «pukać» — стучать, постукивать, что тоже укладывается в эту логику: Пукалик — «тот, кто стучит» или «сынок стукача».

Вторая версия — топонимическая. В Польше и Западной Украине встречаются населённые пункты с корнем «Пук-» (например, Пукув). Фамилия могла закрепиться за выходцем из такого места: Пукалик — «житель из Пукова» или «маленький пуковец». Однако эта гипотеза менее вероятна, так как суффикс -ик в топонимических фамилиях редко присоединяется напрямую к названию без промежуточного прозвища.

Третья, самая спорная версия — от личного имени. В старых польских записях встречается имя Пука (Puka), возможно, сокращённая форма от Пукаслав или другого составного имени. В таком случае Пукалик — это «сын Пуки». Но доказательств бытования такого имени в источниках практически нет.

Написание фамилии с мягким знаком на конце — «Пукалик», а не «Пукалик» — также говорит о южном или западном происхождении: в украинском языке смягчение согласных перед -ик — норма. В русских переписях XIX века эта фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальный характер. Скорее всего, предки носителей фамилии Пукалик были крестьянами или мещанами из Подолья, Волыни или Галиции, а сама фамилия — прозвище, закрепившееся за человеком с громким голосом или шумным нравом.