Фамилия Пупкие — редкий пример, когда окончание указывает на географию точнее, чем корень. Суффикс -ие (в начальной форме множественного числа) — верный признак северных и сибирских фамилий, которые закрепились в среде старообрядцев и поморов. В отличие от стандартных русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Пупкие не склоняется по мужскому/женскому роду: «Иван Пупких», «Мария Пупких». Такая модель образования означала, что фамилия фиксировала принадлежность к дому или роду — буквально «из семьи Пупки» или «те, кто живут у Пупки».

Корень пупк- вызывает два основных толкования. Первое — прямое, от слова «пуп» или «пупок»: так могли прозвать человека с заметной, выпирающей фигурой, либо того, кто родился с пупочной грыжей. Второе — диалектное, менее очевидное. В северных говорах слово «пупка» означало не только часть тела, но и небольшой холм, пригорок, выпуклость на местности. Человек мог получить прозвище Пупка по месту жительства — на бугре или у заметного возвышения. Эта версия правдоподобнее, если учесть, что фамилия Пупкие гуще всего встречается в Архангельской области и на Урале, где ландшафт часто описывали через такие бытовые метафоры.

Фамилия не дворянская и не купеческая — её носителями были крестьяне и посадские люди. В документах XVIII–XIX веков Пупкие фигурируют в метрических книгах Вологодской и Пермской губерний. Поскольку фамилия образовалась от прозвища, а не от церковного имени, она могла возникнуть позже, чем массовые фамилии на -ов: вторая половина XVII века, когда на Русском Севере прозвища начали закрепляться за целыми семьями.

Интересно, что однокоренные фамилии Пупков и Пупкин встречаются повсеместно, а вот Пупких — локальный вариант, сохранивший архаичную падежную форму. Если вы носите эту фамилию, ваши предки почти наверняка жили в северных лесных краях, где говорили «у Пупких» вместо «у Пупкиных», и это не ошибка, а диалектная норма, застывшая в фамилии.