Фамилия Пупырешек звучит необычно, и это не случайно. Её основа — не прозвище от слова «пупырь» в прямом значении «прыщ» или «волдырь», а скорее уменьшительная форма от прозвища Пупырь, которое в старину давали человеку с заметной внешностью: полному, круглолицему, с выпуклыми чертами. В русских говорах «пупырь» также означало шишку, нарост, бугор, так что прозвище могло относиться к коренастому или низкорослому, плотному человеку.

Самое интересное здесь — суффикс -ек. В русских фамилиях он встречается редко. Обычно фамилии образуются с помощью -ов/-ев, -ин, -ский. Пупырешек же — это, по сути, застывшая форма родительного или именительного падежа: «чей? — Пупырешка», а потом «сын Пупырешка» сократилось до Пупырешек. Такая модель характерна для украинских и белорусских фамилий, где уменьшительные суффиксы (-ек, -ик, -чик) становятся основой. Поэтому предки носителя фамилии, скорее всего, жили на юго-западе России, в современной Украине или Беларуси.

Версия о происхождении от названия растения пупырник (огуречной травы) или гриба-пупыря менее вероятна: такие прозвища обычно давали не по внешности, а по занятию — например, сборщику трав, но для этого есть более прямые фамилии вроде Пупырников. Уменьшительная форма Пупырешек указывает именно на прозвище, переданное по наследству как ласкательное или уничижительное.

В дореволюционных документах фамилия почти не встречается — это говорит о её локальном бытовании и возможном искажении при записи. В современных базах Пупырешек единичен, что делает фамилию редкой и ценной для генеалогического поиска: её носители, вероятно, потомки одного рода из небольшого села.