Фамилия Пустовитова — это отчество, образованное от прозвища Пустовийт, и здесь стоит сразу развести два похожих написания. Форма Пустовитова — это русский фонетический вариант, который закрепился в документах, тогда как исходная украинская или западнорусская основа звучала как Пустовийт. Суффикс -ов в конце указывает на русское влияние: так прозвище превратили в наследственное семейное имя, адаптировав его под привычную для великорусских земель модель.

Прозвище Пустовийт составное, оно склеилось из двух слов: «пустой» и «вiйт», то есть «войт». Войтом в Польше, Великом княжестве Литовском, на Украине и в западных регионах России называли выборного старосту, городского чиновника или старшину сельского округа. На Западной Украине вплоть до 1939 года и в Польше до 1950-х годов войт оставался председателем волостной управы — должность была заметная, выборная, и прозвища от неё давали охотно.

Прилагательное «пустой» в этом прозвище — не про характер человека, а про состояние его владений. Скорее всего, Пустовийтом дразнили старосту, чья округа обеднела или опустела после пожара, неурожая, голода или эпидемии. Такая версия правдоподобнее всего: в прозвищах часто отражали не личные качества, а внешние обстоятельства, которые бросались в глаза соседям. Альтернативное толкование — «пустой» как «несостоятельный», «бедный» — тоже возможно, но хуже объясняет связку с должностью.

Со временем прозвище, которое изначально прикрепляли к наследственному имени для уточнения, полностью вытеснило его и из бытового обихода, и из официальных бумаг. Так потомки Пустовийта стали писаться Пустовитовыми, а в русской среде — Пустовитовыми или Пустовитовами. География фамилии тянется к тем регионам, где институт войтовства был в ходу: это украинские земли, Беларусь, Польша и смежные западные области России.