Фамилия Путнине — редкий случай, когда окончание не даёт сразу понять, где её искать на карте. На слух она звучит как форма родительного или предложного падежа: «у Путнина», «о Путнине». Но в реальности это не склонение, а застывшая фамильная модель с суффиксом -ин, к которому добавилось окончание -е. Такое оформление почти всегда указывает на непривычный для русского уха способ записи — скорее всего, перед нами фамилия, бытующая в среде, где русский язык соседствовал с другими языками, например, в Прибалтике или в регионах с финно-угорским населением. Там фамилии на -ин иногда записывали с конечным -е по аналогии с местными нормами или из-за особенностей произношения.

Основа фамилии — Путн- — вызывает несколько версий, и ни одна не очевидна. Самое простое объяснение: от слова «путный» — то есть дельный, толковый, порядочный человек. В старых говорах «путный» значило «годный, настоящий», а прозвище Путной или Путня могли дать хозяйственному или рассудительному крестьянину. Суффикс -ин в таком случае образует фамилию по отцовской линии: сын Путни — Путнин, а затем, в нестандартной записи, Путнине.

Менее вероятная, но возможная связь — с географическим названием. В Латвии и Эстонии встречаются топонимы вроде Путни, Путнэ, а также река Путна в Румынии и Молдавии. Если предки носителя фамилии переселились оттуда, то Путнине могло означать «выходец из Путны» или «живущий у Путны». Однако для такой версии нет массовых подтверждений — фамилия слишком редка, чтобы строить на ней миграционные теории.

С точки зрения сословного происхождения фамилии на -ин в принципе характерны для крестьян и мещан центральной России, но форма Путнине выбивается из этого ряда. Скорее всего, предки были государственными крестьянами или однодворцами южных и западных губерний, где фамилии записывали на слух и не всегда по единому образцу. В современных базах фамилия встречается единично, преимущественно в России и странах Балтии, что подтверждает её локальный и, вероятно, поздний характер — она могла оформиться только в XIX веке при массовом присвоении фамилий.

Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией нет, и это не удивительно: Путнине — не дворянская и не купеческая, а фамилия простого человека, чьё прозвище закрепилось за потомками в необычной грамматической оболочке.