Фамилия Пужинская — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Пужинских. Её основа, скорее всего, происходит от прозвища или неканонического имени Пуж (или Пужа). В русских говорах слово «пужа» имело несколько значений, и самое вероятное связано с глаголом «пужать» — то есть пугать, страшить. Прозвище Пужа могли дать человеку пугливому, боязливому, либо, наоборот, тому, кто сам наводил страх — сварливому или грозному. Встречается и диалектное «пужа» в значении «пугало», «чучело», что тоже могло стать основой для прозвища.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Пужин, то есть сын или потомок Пужи), а затем фамилия была адаптирована под польскую или западнорусскую модель с суффиксом -ский/‑ская. Такая двойная обработка (Пужа → Пужин → Пужинский) нередка для фамилий, которые формировались на стыке русской и польской традиций, особенно на землях бывшего Великого княжества Литовского — в Беларуси, на Смоленщине, в западных областях России. Окончание -ская говорит о том, что носительницы фамилии происходят из шляхетского или духовного сословия, где такие окончания были нормой.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом. В Польше и на западе Украины есть несколько небольших поселений с корнем «Пуж» (например, Пужа или Пужин). В таком случае фамилия указывает на выходца из этих мест. Однако отсутствие широко известного села Пужинского делает прозвищную версию более правдоподобной.

В написании фамилии возможна путаница с похожей фамилией Пущинская (от «пуща» — лесная чаща) или Пужинская с ударением на второй слог (от «пуж» — диалектное «холод», «мороз»). Но для Пужинской ударение, скорее всего, падает на второй слог: Пу́жинская или Пужи́нская — точное ударение зависит от местной традиции рода.

Фамилия редкая, не встречается в массовых списках дворянских родов Российской империи, что указывает на её происхождение из мелкопоместной шляхты, однодворцев или духовенства. В современной России носительницы фамилии Пужинская встречаются в основном в центральных и западных регионах, что подтверждает её западнорусские корни.