Фамилия Пужихин — редкий пример, где форма на -ихин оказывается не типичным притяжательным прилагательным, а результатом переосмысления. Если бы фамилия была образована по стандартной модели от прозвища Пуж(ий) с суффиксом -ин, мы бы получили Пужин. Форма Пужихин указывает на иную основу: скорее всего, перед нами вариант фамилии, возникший из прозвища Пужиха — так в говорах могли назвать женщину, а затем и её потомков по принципу «чей?» — Пужихины, то есть «дети Пужихи». В русской ономастике фамилии на -ихин (как Данилихин, Иванисихин) обычно отталкиваются от женского имени или прозвища матери (патроним от матронима), что характерно для северных и сибирских говоров, где такая модель была особенно живуча.

Корень пужих- затемняет значение. Напрашивается связь с диалектным глаголом «пужать» — пугать, страшить. В этом случае Пужиха — пугливая, боязливая женщина, либо, наоборот, та, кто всех пугает (крикливая, резкая). В рязанских и тульских говорах «пужаный» означает испуганный, а «пужало» — пугало. Менее вероятна, но не исключена связь с «пужей» — так в некоторых местах называли крупный желудь или шишку (от «пузырь», вздутие), но это даёт прозвище скорее по внешности, чем по характеру.

Есть и другая версия: основа могла быть иноязычной, например, от финно-угорского корня puh- (чистый, светлый) или коми-пермяцкого «пуж» — рябина. В этом случае Пужихин — потомок человека, жившего у рябинового места или носившего прозвище Рябина. Однако фамилия не фиксируется в массовых списках финно-угорского происхождения, и её концентрация в метрических книгах XIX века тяготеет к центральным губерниям (Владимирская, Нижегородская), что делает русскую диалектную версию убедительнее.

Социальный состав носителей типичен для крестьянских фамилий на -ихин: в ревизских сказках Пужихины встречаются среди государственных крестьян, реже — у бывших помещичьих. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия остаётся редкой, чаще всего встречается в Нижегородской области и в Пермском крае — что косвенно подтверждает севернорусский след модели на -ихин.