Фамилия Пужинин — довольно редкая и прозрачная по происхождению. Её основа — прозвище или нецерковное имя Пужня, Пужина. В русских говорах слово «пужа» или «пужина» означало «пугало, чучело», а также «нечто страшное, пугающее». Глагол «пужать» — диалектный вариант литературного «пугать». Таким образом, фамилия образована по простой модели: корень «пуж-» плюс суффикс принадлежности «-ин», указывающий на то, что предок был сыном или потомком человека по прозвищу Пужа (Пужина).

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: сначала возникло прозвище Пужня (от «пужать»), затем от него через притяжательное прилагательное («чей?» — Пужинин) закрепилась фамилия. Суффикс «-ин» характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Родственные фамилии — Пужин, Пужаев, Пугачёв — все восходят к тому же глагольному корню, но с разными суффиксами.

Интересная деталь: прозвище Пужа могли дать не только за внешнее сходство с пугалом (высокий, худой, неопрятный), но и за характер — пугливому, боязливому человеку. В ономастике известен случай, когда такое прозвище закреплялось как оберег: считалось, что назвав ребёнка «страшным» именем, родители отгоняют от него злых духов. То есть Пужинин мог быть потомком человека, которого в детстве нарекли Пужей «от сглазу».

Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, где диалектный глагол «пужать» был в ходу. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Пужня, но массовой фамилия не стала — её носителей по переписям всегда было немного. Сейчас Пужинины живут в основном в Вологодской, Кировской и Нижегородской областях, что подтверждает севернорусские корни.