Фамилия Пужихины — хороший пример того, как редкая форма суффикса может рассказать о происхождении больше, чем корень. В ней работает суффикс -их-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он оформлял фамилии в северных и сибирских говорах (вроде Коротких, Глухих) и указывал на принадлежность к дому или роду: «из семьи Пужихи». То есть Пужихины — это потомки человека, которого в деревне звали Пужиха.

Корень здесь — «пужи-». Самое вероятное объяснение ведёт к диалектному глаголу «пужать» — пугать. В северных и уральских говорах «пужаный» означало пугливый, боязливый. Соответственно, Пужиха — прозвище женщины, которая легко пугалась, или, наоборот, той, кого все боялись (например, строгой свекрови). Мужская форма этого прозвища — Пугливый или Пужало — в документах не закрепилась, а вот женская, через суффикс -их-, дала начало целому роду.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «пуга» (пугач, филин) или «пужина» (потрава, испуг скота). В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который пас скот или жил на отшибе, где было неспокойно.

Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермскому краю — регионам, где фамилии на -их/-ых особенно распространены. Встречается она редко, поэтому носители Пужихиных, скорее всего, имеют общих предков из одной локальной группы, возможно, из бывших государственных или дворцовых крестьян. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.