Фамилия Пужинский — редкая, с прозрачной, но не единственной версией происхождения. В её основе лежит либо географическое название, либо прозвище, и обе гипотезы имеют право на существование.

Суффикс -ский указывает на польское или западнорусское происхождение: такую фамилию обычно получал либо шляхтич по названию своего имения, либо выходец из села или местечка, чьё название оканчивалось на -ск. Корень «Пуж» мог восходить к названию населённого пункта — например, Пужа, Пужино или Пужин. Такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России (вспомним хотя бы озеро Пужа в Тверской области). В этом случае предок был помещиком или крестьянином, переселённым из такого места.

Однако есть и вторая, не менее вероятная версия. В старорусских говорах «пужа» или «пужать» означало «пугать», «стращать». Прозвище Пужа могли дать человеку пугливому, робкому или, наоборот, тому, кто любил пугать других, — например, охотнику, сторожу или просто человеку с неспокойным характером. Суффикс -ин- в прозвищной основе («Пужин») превращал его в фамилию, а затем добавление -ский давало «Пужинский» — по модели «сын Пужи». Такая цепочка встречается у многих русских дворянских фамилий, образованных от прозвищ.

Интересно, что фамилия Пужинский практически не встречается в центральных областях России, но фиксируется в документах XIX века среди мелкопоместной шляхты Витебской и Могилёвской губерний. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, относились к польско-литовскому дворянству или однодворцам. В современной России фамилия остаётся очень редкой, её носители живут в основном в Москве и Санкт-Петербурге, что типично для фамилий, мигрировавших с запада в советское время.