Фамилия Пынькин — довольно редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — слово «пынька». В русских говорах, особенно южных и западных, так называли небольшую тыкву, иногда — дыню или вообще любой маленький, надутый плод. Слово это звукоподражательное, связанное с «пыжиться», «напыщенный» — то есть надуваться, разбухать. Таким образом, фамилия образована от прозвища Пынька, которое могли дать человеку по внешнему сходству: круглолицему, полному, невысокому.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пынькин — это «сын Пыньки» или «человек из семьи Пыньки». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ или нецерковных имён, оканчивающихся на -а, -я. Подобным образом возникли, например, Пучкин (от «пучка» — толстяк, либо пучок волос) или Тыквенников (но здесь суффикс другой).

Интересно, что в некоторых диалектах слово «пынька» имело и переносное значение — так могли назвать капризного, обидчивого человека, который «надувается» от недовольства. Поэтому не стоит исключать, что прозвище относилось не к внешности, а к характеру. В любом случае, фамилия Пынькин — яркий пример того, как бытовое, «огородное» слово становилось семейным именем. Географически фамилия встречается разрозненно, без явного гнезда, что говорит о её спорадическом возникновении в разных регионах, а не о едином родовом центре. В дореволюционных списках она почти не фиксируется, что подтверждает её позднее закрепление — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам.