Фамилия Пынько звучит на южнорусский или украинский манер. Её выдает суффикс -ко, который в восточнославянских фамилиях чаще всего указывает на уменьшительную форму или принадлежность: буквально «маленький Пыня» или «сын Пыни». Такая модель типична для Украины, Беларуси и южных областей России, где фамилии на -ко (Бондаренко, Шевченко, Ковалько) встречаются особенно часто.

Основа фамилии — Пыня. В диалектах и старой письменности это слово могло означать «толстяк», «пухлый человек» (от глагола «пы́нить» — надувать, раздувать). В некоторых говорах «пыня» — прозвище человека с пышным телом или круглым лицом. Менее вероятна, но возможна связь с «пынь» — так в рязанских и тамбовских говорах называли огузок, толстый конец бревна, что тоже отсылает к чему-то полному и округлому.

Версия о происхождении от имени Пыня как уменьшительной формы от Пётр (Петруня → Пыня) или Пантелеймон (Паня → Пыня) выглядит слабее. Чередование «пет-» → «пын-» нехарактерно для славянской фонетики, а для имени Пантелеймон обычнее форма Панько. Правдоподобнее, что прозвище Пыня возникло самостоятельно, по внешнему признаку.

География фамилии Пынько тяготеет к западным областям Украины, особенно к Волыни и Подолью, а также к югу России — Краснодарскому краю, Ростовской области. Это подтверждает и украинскую, и южнорусскую природу фамилии.

Встречается вариант написания Пинько — с «и» вместо «ы». Это может быть результатом аканья в безударной позиции или просто ошибкой писаря. Но различие принципиально: Пинько скорее связано с «пинькать» (жалобно пищать) или с «пинь» (звукоподражание), а Пынько — с полнотой.

Таким образом, носитель фамилии Пынько, скорее всего, потомок человека, которого в южнорусской или украинской среде прозвали Пыней за плотное телосложение. Фамилия эта не аристократическая, а крестьянская или казацкая, без сложной сословной истории.