Фамилия Пынькина — женская форма фамилии Пынькин. В русской традиции такие фамилии образовывались от мужской фамилии через суффикс -а, и их носительница — жена или дочь Пынькина. Сама же основа фамилии — прозвище Пынька.

Разберём слово «пынька». В русских говорах это слово имеет несколько значений. В первую очередь, «пынька» — диалектное название тыквы (сравните с украинским «гарбуз» и южнорусским «кабак»). В таком случае прозвище Пынька могли дать человеку невысокому, круглому, плотному — по сходству с тыквой. Вторая версия связана с глаголом «пынять» — ныть, хныкать, капризничать. Пынькой тогда называли плаксивого, вечно недовольного человека. Третий, более редкий вариант — от слова «пын» (пень) с диалектным смягчением, то есть прозвище для коренастого, крепкого человека.

Фамилия Пынькин встречается нечасто, но имеет чёткую географическую привязку. Основной ареал — северные и центральные области России: Архангельская, Вологодская, Кировская области, а также Поволжье. В этих местах «пынька» в значении «тыква» была привычным словом, что делает первую версию самой правдоподобной.

По модели образования фамилия Пынькин относится к типичным русским фамилиям на -ин, которые произошли от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пынькин, то есть сын Пыньки. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии часто писали с двойной буквой н (Пынькинъ), но в современном написании утвердилась одинарная, хотя корень слова — пыньк-.

Однокоренных фамилий немного: Пыньков (с суффиксом -ов, что реже для такой основы), Пынько (украинская или белорусская форма). Вариант с окончанием -ин для русского уха привычнее.

Таким образом, предки современных Пынькиных — скорее всего, крестьяне из северных губерний, получившие прозвище по внешнему сходству с тыквой или по характеру. Фамилия не дворянская, не купеческая, а народная, бытовая, что и объясняет её скромную распространённость.