Фамилия Пырсенко — украинская по модели образования, на что прямо указывает суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых, он означает «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. То есть Пырсенко — буквально «сын Пырся» или «потомок Пырся».

Основа фамилии — прозвище Пырсь, которое, скорее всего, образовано от глагола «пырнуть», то есть «ткнуть, ударить, боднуть». В украинских говорах «пырсь» могло означать человека колючего, задиристого, резкого в движениях или словах — того, кто «пыркается», то есть брыкается или огрызается. Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «пыр» (поросёнок), но тогда форма была бы иной, например, Пыренко или Пырченко.

Географически фамилия Пырсенко встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в смежных регионах России. В дореволюционных ревизских сказках и метрических книгах её носители чаще всего записаны как казаки или государственные крестьяне — сословия, где прозвища передавались по наследству и легко превращались в фамилии.

Интересная деталь: в отличие от множества фамилий на -енко, образованных от крестильных имён (Иваненко, Петренко), Пырсенко происходит именно от прозвища. Такие фамилии ценны тем, что сохраняют память о личных качествах или поведении предка — в данном случае, вероятно, о человеке с крутым нравом или острым языком.