Фамилия Рубахина — женская форма фамилии Рубахин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Рубаха. В старину на Руси имя Рубаха встречалось достаточно часто: так могли назвать ребёнка, родившегося в «сорочке» (с плодным пузырём на голове — счастливая примета), либо просто по названию предмета одежды, что было в духе древнерусских имён-оберегов (например, Шуба, Лапоть, Шапка). Слово «рубаха» в славянских говорах означало не только одежду, но и грубую холстину, мешковину, а также, по данным словаря Даля, «рубашку» на животных — шерсть, пух. Прозвище Рубаха мог получить мастер-портной, торговец тканями, либо человек, носивший простую, бедную одежду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Рубахин — «сын Рубахи». Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, особенно распространённая в северных и центральных губерниях. Фамилия Рубахин встречается в архивных записях с XVII столетия: например, в переписных книгах Вологды и Устюга Великого упоминаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем. Встречаются и варианты написания — Рубахин, Рубахина, а также однокоренные Рубашкин, Рубаков, Рубанов.

Географически фамилия Рубахина чаще всего фиксируется в Архангельской, Вологодской, Костромской областях, а также в Сибири — в районах, куда переселялись поморы и северные крестьяне. В этих местах прозвище Рубаха могло закрепиться за человеком, который торговал домотканым полотном или занимался пошивом одежды. Сословно носители фамилии были в основном крестьянами и мещанами, хотя в XIX веке встречаются и купеческие роды с этой фамилией — например, в Екатеринбурге и Ирбите.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского слова «рубах» (лиса) или от арабского «рубах» (дух, ветер), но для исконно русской фамилии, записанной в северных погостах, славянская этимология выглядит убедительнее. В любом случае, фамилия Рубахина — не редкая, но и не массовая, она прочно привязана к северорусскому ареалу и ремёслам, связанным с ткачеством и одеждой.