Фамилия Рубашенкова — женская форма фамилии Рубашенков. Её основа — прозвище или имя Рубаш, Рубаша, которое в русской ономастике связывают с глаголом «рубить». В словаре В. Даля «рубаш» — это «рубец, шов», а «рубать» означает резать, сечь, кроить. Однако, в отличие от прямолинейной версии о предке-портном или дровосеке, здесь стоит присмотреться к словообразовательному суффиксу «-енк-». В фамилиях на «-енко(в)» (Рубашенко — Рубашенков) этот суффикс типичен для украинского и южнорусского ареала. То есть Рубашенков — это русифицированная форма украинской фамилии Рубашенко. Суффикс «-енк-» в украинском языке указывает на потомка: Рубашенко — «сын Рубаши». А уже в русской среде фамилию «подогнали» под привычную модель на «-ов».

Корень «рубаш-» мог относиться не только к рубке. В народных говорах «рубаша» — это рубаха, одежда. Прозвище Рубаша могли дать человеку, который носил особую рубаху, или же тому, кто шил рубахи. Но есть и третья, более редкая версия: в некоторых диалектах «рубаш» — это вид рыбы (ёрш или бычок). Тогда фамилия могла произойти от прозвища рыбака или человека с цепким характером.

Географически фамилия Рубашенков встречается преимущественно в южных областях России — Ростовской, Волгоградской, а также в Краснодарском крае. Это подтверждает её южнорусское происхождение. В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как суффикс «-енко» характерен для демократических слоёв населения, а не для дворянства.

В написании фамилии возможен вариант с одной «н» — Рубашенков, но форма с «нк» (Рубашенкова) встречается чаще и зафиксирована в официальных документах.