Фамилия Русаненко ведет свое начало от прозвища Русан. Так в старину называли человека с русыми волосами, то есть светло-русыми, пепельными. Прозвище было широко распространено и давалось по самому заметному внешнему признаку, поэтому неудивительно, что оно породило целый куст родственных фамилий: Русанов, Русаков, Русановский и, конечно, Русаненко.

Впрочем, существует и другая версия происхождения, хотя она и менее правдоподобна. Согласно ей, в основу фамилии легло нецерковное имя Русан, которое было просторечной формой некоторых календарных имен: Христина (в переводе с греческого — «христианка, христова дочь»), Христофор («носящий Христа в себе, чтящий его»), Хрисанф («златоцветный»). Такое переосмысление редких греческих имен на русский лад случалось часто, но в случае с Русанов объяснение через цвет волос выглядит естественнее: оно понятно без словарей и отражает живую народную традицию именовать человека по его облику.

Прозвище Русан и образованные от него фамилии упоминаются в «Ономастиконе» академика С.Б. Веселовского. Там записаны: Русан Федорович Головцев, конец XVI века, Кострома; Русанов Семен Васильевич, 1596 год, Одоев. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных регионах России и уже к концу XVI века давало устойчивые семейные именования.

Сама форма Русаненко выдает украинское или белорусское происхождение: суффикс -енко в этих землях указывал на «сына» или «потомка» (буквально «Русанов сын»). Позже прозвище Русан, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, а на востоке Украины, где такие фамилии особенно часты, оно закрепилось в форме Русаненко.