Фамилия Сафанков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа плюс типичный суффидж принадлежности -ов-. Корень здесь — Сафан-, который восходит к крестильному имени Сафан. Это краткая, обиходная форма церковного имени Софония, которое пришло на Русь из древнееврейского и означает «Господь сокрыл» или «Бог защищает». Полные формы вроде Сафон, Сафан, Сафоня бытовали в простонародной среде, особенно в северных и центральных губерниях, где имя переосмысливалось на слух и упрощалось.

Менее вероятна, но не исключена связь с прозвищем Сафан от тюркского «сафан» — «чистый, ясный», или с глаголом «сафанить» (в диалектах — «лениться, бездельничать»). Однако в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такие варианты для фамилий на -ов встречаются редко, и основа почти всегда оказывается каноническим именем. Поэтому версия с крестильным Софония — основная.

Фамилия Сафанков — патронимическая, то есть отвечает на вопрос «чей сын?»: сын Сафана, внук Сафана. Суффикс -к- в основе (Сафан-к-ов) указывает на то, что сначала существовала уменьшительная форма имени Сафанко — так на Руси называли младшего члена семьи или ребёнка. В итоге фамилия буквально значит «принадлежащий потомку Сафанка».

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России. Наибольшая плотность носителей зафиксирована в Кировской, Костромской и Нижегородской областях. Это зона позднего закрепощения крестьян, где патронимы на -ов дольше сохранялись в качестве неофициальных родовых прозвищ и лишь к XVIII–XIX векам стали наследственными фамилиями.

С социальной точки зрения Сафанковы — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается, а в ревизских сказках и метрических книгах XIX века носители числятся в основном среди государственных и помещичьих крестьян Вятской губернии. Таким образом, за простым звучанием скрывается длинная цепочка: от библейского имени через уличное прозвище к фамилии, которая закрепилась за родом на несколько столетий.