Фамилия Сагайдаров — один из тех случаев, когда за основу взято не христианское имя и не профессия, а военное прозвище, связанное с вооружением. Прямое значение исходного слова — «сагайдак» (или «сайдак»), то есть набор для стрельбы из лука: налучье (чехол для лука) и колчан со стрелами, которые носили на поясе. В украинских и южнорусских говорах слово было в ходу, а на Украине закрепилось и в фамилии гетмана Петра Сагайдачного. Но фамилия Сагайдаров образована не от прозвища «Сагайдачный» (человек, имеющий сагайдак), а напрямую от слова «сагайдар» — так могли называть мастера, изготовлявшего сагайдаки, или воина-лучника.

Модель типично русская: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Сагайдаров — сын Сагайдара. Основа «сагайдар» — тюркского происхождения (от монгольского «сагадак» через тюркские языки), но на русской почве слово переосмыслили: прозвище давали не по этническому признаку, а по роду занятий. В XVI–XVII веках, когда огнестрельное оружие уже вытесняло лук, сагайдачники оставались в казачьей среде и в стрелецких полках — там лук ещё использовали как вспомогательное оружие. Поэтому предок Сагайдаровых с высокой вероятностью был либо ремесленником, делавшим колчаны и налучья, либо служилым человеком, который ходил «с сагайдаком».

Фамилия встречается нечасто, и её география в основном совпадает с зонами бывшего расселения казачества: Дон, Кубань, Нижнее Поволжье. Встречаются варианты написания с одной «а» (Сагайдаров) и с двумя (Сагайдаров) — оба корректны, так как в исходном слове допускались колебания («сагайдак» и «сайдак»). В дворянские родословные книги Сагайдаровы не попали — это однозначно фамилия служилых людей или казаков, а не потомственного дворянства.

Ошибкой было бы связывать фамилию с фамилией гетмана Сагайдачного: у них разная словообразовательная модель (-ый против -ов) и разная среда бытования. Сагайдаров — русская фамилия, а Сагайдачный — украинская прозвищная. Но общий корень, конечно, один.