Фамилия Сагайдук — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с оружием. В её составе легко угадывается тюркское слово «сагайдак» (или «саадак») — так в старину называли полный набор лучника: налучье (чехол для лука) и колчан со стрелами, которые носили на поясе. Суффикс -ук в русских фамилиях встречается нечасто, но он характерен для украинской и южнорусской традиции (сравните: Ковальчук, Бондарчук). Таким образом, Сагайдук — это «человек, связанный с сагайдаком»: либо мастер, делавший налучья и колчаны, либо воин, хорошо владевший луком.

Вероятность того, что фамилия происходит от личного имени Сагай, мала: такого имени в русских святцах нет, а в тюркских именах корень «сагай» (со значением «считать», «уважать») хоть и существует, но не образует фамилий с суффиксом -дук. Поэтому версия с прозвищем по роду занятий выглядит убедительнее.

Географически фамилия Сагайдук тяготеет к южным регионам бывшей Российской империи — Украине, Кубани, Донской области. Именно там, в казачьей среде, где конный бой и луки долго сохраняли значение даже после появления огнестрельного оружия, прозвище «Сагайдук» могло закрепиться за умелым стрелком или оружейником. В центральных и северных губерниях эта фамилия практически не встречается.

Одно из немногих документальных свидетельств — упоминание казака Сагайдука в реестрах Запорожской Сечи XVII века. В те времена прозвище ещё не стало наследственной фамилией, но уже указывало на конкретного человека. Позже, при закреплении фамилий в XVIII–XIX веках, форма с суффиксом -ук (Сагайдук) стала передаваться детям и внукам, вытеснив исходное прозвище.

Слово «сагайдак» со временем вышло из обихода, и фамилия перестала быть «говорящей». Сегодня её носители вряд ли подозревают о связи своих предков с луками и стрелами, но этимология не оставляет сомнений: Сагайдук — это потомок того самого человека, чей сагайдак всегда был под рукой.