Фамилия Салынина образована от прозвища или мирского имени Салыня, которое восходит к татарскому глаголу «салыну». У этого глагола несколько значений, и каждое из них могло стать основой для прозвища: «висеть», «надеяться, рассчитывать» или «притворяться, прикинуться». То есть предок, получивший такое прозвище, мог быть либо человеком, на которого можно положиться, либо хитрецом и притворщиком, либо, если отталкиваться от первого значения, — медлительным, «вислым» в движениях человеком. Какая из этих версий верна для конкретного рода, теперь сказать трудно: прозвища часто давались по самому заметному качеству, а оно могло быть любым.

Существует и другая, менее распространенная гипотеза, которая связывает фамилию не с личным прозвищем, а с географическим названием. Речь идет о горных кряжах Салын, расположенных между рекой Мрасой и левым берегом реки Томи. Эти горы сложены преимущественно из сиенита, метаморфических сланцев, известняка, диорита и отчасти гранита. Склоны Салыны покрыты дремучими лесами, среди которых первенствует кедровник, а высшие пики представляют собой острые гребни из утесов и скал, у подножий — осыпи каменных глыб и валунов. Если фамилия действительно происходит от этого топонима, то ее носители могли быть выходцами с тех мест или переселенцами, которых прозвали по месту прежнего жительства.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского ономастикона: к основе Салын- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такую форму обычно получали фамилии от основ, оканчивающихся на -а/-я: Салыня — сын Салыни, то есть Салынин, а в женском роде — Салынина. Эта модель характерна для северных и центральных регионов России, где притяжательные прилагательные с суффиксом -ин были особенно распространены.

Процесс формирования фамилий в России был длительным и неравномерным: где-то они закрепились уже в XV–XVI веках, а где-то — только к XIX. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Салыниных можно лишь на основании генеалогических исследований, изучения архивных документов и метрических книг. Сама по себе фамилия редкая, и это делает ее особенно интересной для тех, кто пытается восстановить историю своей семьи: чем меньше носителей, тем больше шансов, что все они связаны общим предком.