Фамилия Самбукин — нечастая, но прозрачная по происхождению. Её основа — слово «самбук» или «самбука». В русском языке так называли музыкальный инструмент, разновидность гуслей или арфы, известную по старинным описаниям. Однако в большинстве случаев фамилия связана не с музыкой, а с растением: «самбук» — это бузина (от латинского Sambucus). В южнорусских и украинских говорах это слово бытовало как название кустарника, а прозвище Самбук могли дать человеку, жившему в зарослях бузины, либо тому, кто занимался её сбором или использованием в народной медицине.

Суффикс -ин указывает на модель образования от прозвища или имени на -а/-я. Самбукин — буквально «сын Самбука» или «человек из семьи Самбука». Такая модель типична для северных и центральных областей России, но сама фамилия географически тяготеет к югу — к Курской, Воронежской, Ростовской областям, где слово «самбук» в значении «бузина» было в ходу. Встречается она и у казаков, что неудивительно: фамилии на -ин среди донского и кубанского казачества тоже распространены.

Есть и более редкая версия, которую приводят некоторые исследователи: Самбук могло быть производным от тюркского имени или прозвища, например, от «самбу» — «похвала» или «прославление». Но для русской фамилии эта гипотеза выглядит натянутой, поскольку никаких устойчивых тюркских корней с таким звучанием в ономастике не зафиксировано. Гораздо правдоподобнее, что перед нами чисто славянская фамилия, образованная от местного названия растения.

Интересная деталь: в ботанической номенклатуре «самбук» — это научное название бузины, но в народной речи оно почти исчезло, сохранившись лишь в диалектах. Фамилия Самбукин — один из тех редких случаев, когда бытовое слово закрепилось в родовом имени, а само слово вышло из обихода. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где прозвища по природным приметам были обычным делом.