Фамилия Самородкин образована от прозвища Самородок. В русских говорах так называли не только кусок драгоценного металла в чистом виде, но и человека, который выделялся природным умом, талантом, смекалкой — без обучения и «шлифовки». Прозвище давали самоучке, который добивался успеха собственными силами, или просто человеку с яркой, «самородной» натурой.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Самородкин — «сын Самородка», то есть потомок человека, носившего такое прозвище. В некоторых говорах слово «самородок» могло относиться и к внебрачному ребенку (рожденному «самому по себе», без законного брака), но эта версия менее вероятна: в таком случае чаще использовали прозвища с корнем «выблядок» или «найдёныш».

В документах фамилия фиксируется с XVII века. В переписных книгах Воронежского уезда 1670-х годов упоминается крестьянин Ивашка Самородок, а в конце XVIII века в Рязанской губернии встречаются Самородкины — однодворцы, то есть потомки служилых людей, охранявших южные границы. География фамилии преимущественно центральная Россия: Воронежская, Рязанская, Тамбовская области. Это указывает на то, что прозвище бытовало в среде черносошных крестьян и однодворцев, а не в аристократической среде.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Самородов или Самородский, где суффиксы -ов и -ский могли указывать на более позднее искусственное происхождение, Самородкин — «живая» фамилия, возникшая в крестьянской среде естественным путем, через прямое прозвище. Встречается и вариант ударения: СамородкИн (на последний слог), но литературная норма — Самородкин.