Фамилия Сандрухин — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа, «Сандрух», не встречается в современных русских именах и прозвищах, что указывает либо на иноязычное заимствование, либо на сложную словообразовательную цепочку, утратившую промежуточные звенья.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с крестильным именем Александр. В русской народной традиции это имя давало множество производных форм: Шура, Саня, Сандра. Форма «Сандруха» — возможный западнорусский или украинский вариант, образованный по типу «Митруха» (от Дмитрий) или «Петруха». Суффикс -ух- часто придавал имени фамильярный или пренебрежительный оттенок, но в фамилиях он закрепился как нейтральный. Таким образом, Сандрухин — это потомок человека, которого в быту звали Сандруха, то есть Александр.

Менее распространённая, но не лишённая оснований версия — связь с еврейскими фамилиями, образованными от имени Сандр (вариант Александра в идиш и иврите). В таком случае суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), и фамилия могла возникнуть в среде ашкеназских евреев на территории Российской империи. Однако в пользу славянской версии говорит типичный для русских фамилий суффикс -ин, а не -ов, и отсутствие характерных для еврейских фамилий формантов (например, -ман, -берг).

География фамилии неширокая. Согласно архивным данным, носители фамилии Сандрухин встречаются преимущественно в центральных областях России (Тульская, Рязанская области) и на юге (Краснодарский край). Это косвенно подтверждает «народную» природу фамилии: она не получила распространения через дворянские роды или купеческие династии, а осталась в крестьянской или мещанской среде.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа (Сандрух) + притяжательный суффикс -ин. Никаких редких суффиксов или двойных корней в ней нет, что говорит о позднем (не ранее XVII века) оформлении фамилии в среде простых людей. Родственные фамилии — Сандров, Сандрыкин, Сандриков — встречаются ещё реже и, вероятно, имеют ту же основу.