Фамилия Саннинский образована по одной из самых распространенных в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ск-/-цк-. Такие фамилии обычно указывали на географическое происхождение: предок носителя происходил из места с названием Саннино, Санна, Санны или похожим. В свою очередь, топоним мог быть образован от некалендарного имени или прозвища Сання (уменьшительное от Саня, Савва, Самуил или даже от редкого имени Санна) либо от прилагательного «санный» — связанного с санями, санным делом или зимней дорогой.

Разбор суффикса даёт ключ к социальному контексту. Фамилии на -ский в XVI–XIX веках чаще всего носили дворяне, духовенство или выходцы из западных земель (польско-литовского региона). Однако Саннинский — не слишком распространённая фамилия, и её носители могли быть как крестьянами, переселившимися в другое село и получившими прозвание по прежнему месту жительства, так и священниками, чьи фамилии нередко искусственно конструировали от названий деревень. Второй вариант вероятнее, если принять, что основа «Санн-» восходит к топониму, а не к прозвищу: духовенству давали фамилии по сёлам и погостам, где служили.

Спорный момент — возможная связь с именем Санна, которое в святцах встречается как мужское (мученик Санна, IV век) и редко — как женское. Но в русской традиции такие имена не были популярны, поэтому версия с прозвищем от «санный» (мастер по саням, возчик на санях) выглядит более бытовой и правдоподобной для простонародья. Тем не менее, отсутствие массовых записей о фамилии в крестьянской среде склоняет чашу весов в пользу искусственного происхождения — от названия деревни, которое уже утрачено или не зафиксировано в современных справочниках.

В написании фамилии обращает на себя внимание двойное «н». В русских фамилиях на -ский удвоение обычно возникает, если основа кончалась на «н» (Санн-ин-ский). Это может указывать на то, что исходный топоним звучал как Саннино или Санна (с двумя «н»), а не Саньский или Санинский. Сравните с фамилиями Аннинский (от Анна) или Иваннинский (от Иванна) — та же модель, но с женским именем. Для Саннинского вариант с мужским именем Санна или с прозвищем Сання менее вероятен, так как тогда ожидалась бы форма Санинский или Саньский.

Таким образом, наиболее обоснованная версия: Саннинский — фамилия, образованная от названия населённого пункта (скорее всего, Саннино или Санна), а её носители — выходцы из этого места, возможно, священнослужители или дворяне, получившие фамилию по месту службы или владения. Точных данных о географии фамилии в открытых источниках мало, но по косвенным признакам её можно отнести к центральным или северным губерниям России, где были распространены топонимы с корнем «сан-».