Фамилия Санюкова — это женская форма фамилии Санюков, и её происхождение стоит искать не в географическом названии или профессии, а в личном имени. В основе лежит уменьшительная форма одного из крестильных имён. Скорее всего, это «Саня» — сокращение от Александр (реже от Алексей, Алекса́ндр). Суффикс -юк в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и это одна из деталей, которая делает Санюковых непохожими на большинство соседей.

Суффикс -юк (а также -ук, -чук) характерен для украинской и белорусской ономастики; в русских фамилиях он появляется как следствие миграции или смешения культур. В данном случае фамилия образована по модели «имя + -юк»: Саня → Санюк (сын или потомок Сани), затем к этому патрониму добавили стандартный русский суффикс -ов, чтобы вписать фамилию в привычную для центральной России грамматику. Получился гибрид: украинская или западнорусская основа с русским окончанием. Такое встречается в южных и западных областях России — в Курской, Белгородской, Брянской губерниях, где пересекались диалекты.

Если же отбросить версию с Александром, можно предположить, что в основе лежит прозвище Санюк от диалектного глагола «санючить» (в некоторых говорах — «ныть, капризничать» или «шататься без дела»). Но эта гипотеза слабее: во-первых, глагол редкий и локальный, во-вторых, фамилии от прозвищ с таким суффиксом чаще образуются напрямую, без двойного суффикса («Санюк» → «Санюков» — это уже вторичная русификация).

Таким образом, первый носитель фамилии Санюков — это, вероятно, сын человека по имени Саня (Александр). Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, распространённая в зоне контакта русских и украинских говоров. Встретить её можно в документах XIX века по Курской, Воронежской и Харьковской губерниям, а в XX веке — разбросанной по всей России из-за переселений.