Фамилия Санюков образована от имени или прозвища Санюк, которое, в свою очередь, — это разговорная форма церковного имени Александр. В русской традиции имя Александр, одно из самых распространённых, дало множество уменьшительных вариантов: Саня, Санька, Санюк. Суффикс -юк характерен для южнорусских, украинских и белорусских говоров, где он выполнял роль уменьшительно-ласкательного или просто обиходного окончания. Таким образом, Санюк — это «маленький Саша» или просто Саша в домашнем кругу.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянских земель: к основе Санюк прибавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Санюков, то есть сын или потомок Санюка). Такие фамилии массово закреплялись в XVI–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по имени отца.

Географически фамилия Санюков неравномерно распространена. Её ядро — северные и центральные области России, особенно Архангельская, Вологодская, Кировская области. Это объясняется тем, что суффикс -юк в чисто русском контексте встречается реже, чем -ин или -ов, но на Русском Севере он прижился благодаря переселенцам из новгородских и псковских земель, где такие формы были обычны. Южнее, в украинских регионах, фамилия встречается, но чаще в виде Санюк без окончания -ов.

Спорных версий у этой фамилии нет: корень очевиден, а все альтернативные толкования (например, связь с диалектным словом «санюк» — якобы «соня» или «медлительный человек») не имеют серьёзной поддержки в ономастике. Имя Александр настолько перекрывает любые возможные прозвищные значения, что именно антропонимическая версия остаётся единственной правдоподобной.

Социальный контекст фамилии типичен для крестьянского сословия. Носители Санюковы в большинстве своём были государственными или помещичьими крестьянами, реже — ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение. В метрических книгах XIX века Санюковы чаще всего записаны как жители деревень и сёл, а не городов.